Au centre du site se trouve une place surbaissée dite Plaza Hundida (Place Enfouie), de 48 m de côté. Alignée dans l'axe de la porte du Templo Tardio, elle est flanquée au Nord et au Sud de deux bâtiments similaires, hélas très dégradés qui devaient servir de tribunes et recevoir le public assistant aux cérémonies de la Plaza Hundida. Ses quatre murs de terrassement sont constitués de grands blocs de pierre polies de pierres polies. Sur l'un de ces blocs est sculpté l'effigie d'une divinité anthropomorphe connue sous le nom de la "Méduse" qui pourraît être une copie tardive de la divinité représentée dans le temple du Lanzón. Dans l'angle Sud-Ouest de la place, se trouve un curieux rocher, dit Choque Chinchay, où sept cupules creusées dans la pierre délimitent vaguement la silhouette du Dieu-jaguar de Chavín et semblent représenter les sept étoiles de la constellation d'Orion (laquelle domine le ciel équatorial pendant la saison des pluies).
L'angle Nord-Ouest, quant à lui, est occupé, dans l'alignement du bâtiment Nord, par un escalier monumental de 16 m de large, dénommé Graderia Middendorf, qui donnait accès à un édifice détaché du reste de l'ensemble, le plus septentrional et nettement le plus tardif de tous.

A l'Ouest de la place, en direction du Castillo, on distingue nettement trois plateformes; la première est accessible par un escalier monumental de 5 marches, large de 6 m; la seconde est desservie par le fameux Escalier des Jaguars, en pierre noire à droite et blanche à gauche, et aux alentours duquel on pourra apprécier plusieurs pierres sculptées.
La troisième (à laquelle on accède par un escalier recouvert d'une voûte, puis par un autre plus petit, à l'angle Sud-Ouest de la pyramide) est dénommé El Zocalo et sert de base à la pyramide elle-même, constuction impressionante de 70 m de côté aux murailles hautes de 10m, dont toute la façade est décorée de dalles, sortes de planches lithiques qui devaient supporter en frise des pierres sculptées d'êtres anthropomorphes et d'animaux dont quelques éléments, découverts dans les ruines, ont été déposés dans les galeries souterraines du temple du Lanzón.

Le centre de cette façade est occupé, dans l'axe de la place et des autres escaliers par un portique monumental, dit La Portada, dont les colonnes et les linteaux étaient décorés de félins; il n'en reste plus que quelques vestiges. Derrière ce portique, deux escaliers latéraux donnent accès au second étage du Castillo à l'intérieur duquel existent plusieurs salles et galeries souterraines, dont la chambre des Poutres décorées (vigas decoradas ) où furent sculptés des animaux aquatiques qui conservent quelques vestiges de polychromie. Vers la partie postérieure de la pyramide, la galerie des Pierres sculptées et la galerie des Captifs sont également souterraines, la dernière communique avec la Galerie des Chauve-souris, sans doute la plus ancienne (vers 1200 avant J.-C.).
Enfin, le Castillo était décoré, sur ses quatre côtés des fameuses Cabezas Clavadas (têtes clouées), figures tout à fait emblématiques du site de Chavín, qui sont des têtes sculptées en ronde bosse, encastrées dans la maçonnerie et dont on a laissé un seul exemplaire en place, les autres étant conservées à l'abri des intempéries dans les galeries du Temple du Lanzón. Beaucoup d'hypothèses ont été émises sur la finalité de ces têtes saillantes et grimaçantes : certains y voient des "gardiens" chargés d'éloigner du temple les mauvais esprits, d'autres les reproductions symboliques des têtes coupées des guerriers ennemis, et les derniers des sortes de potences qui servaient, justement à pendre ou à accrocher les suppliciés.