1526
Signature, à Panama, du contrat liant Francisco Pizarro, Diego de Almagro et Hernando de Luque pour financer l'expédition de la conquête du Pérou.

1527
Deuxième voyage de Francisco Pizarro vers la côte du Pérou. Episode du serment des "Treize de l'île du Gallo" (Septembre 1527). Débarquement de Pedro de Candia (ou Alonso de Molina) à Tumbes. Retour à Panama (Mai 1528).

1528
A l'intérieur de l'empire Inca, début de la guerre fratricide entre Atahualpa et Huascar, qui revendiquent le trône en se déclarant chacun unique et légitime héritier de leur père Huayna Capac.

1529
26 Juillet : Signature des Capitulations de Tolède entre Pizarro et la couronne espagnole : Pizarro est nommé Gouverneur et Adelantado de la Nouvelle-Castille (nom donné au Pérou), qui reste à conquérir.

1531
20 Janvier : départ de Panama pour la conquête du Pérou, avec une troupe de 180 hommes. Débarquement dans la baie de San Mateo, face à Atacames (Equateur). Les Espagnols y restent cloués par une épidémie de fièvres d'Avril à Septembre. Ayant reçu des renforts amenés par Sebastian de Belalcazar, Pizarro se remet en route en suivant la côte par la voie terrestre.

1532
De Janvier à Avril : séjour sur l'île de La Puná et massacre des indigènes par les Espagnols, suivi de la prise de Tumbes qui avait été préalablement ravagée par les troupes de l'Inca.
15 Mai : Pizarro quitte Tumbes et marche vers Cajamarca, où il pense trouver l'Inca Atahualpa.
Début Novembre : Dernière bataille de la guerre fratricide entre Incas à Chontaxas, dans la Cordillère centrale : les troupes de Huascar sont anéanties par l'armée d'Atahualpa, conduite par Quizquiz et Chalcuchimac. Huascar est capturé par Quizquiz lui-même.
16 Novembre : Prise de Cajamarca et capture de l'Inca Atahualpa.

à g. : Atahualpa promet de remplir sa prison d'or et d'argent en échange de sa liberté (peinture de Jorge Sabogal)
à dr. : exécution d'Atahualpa (gravure de De Bry)

1533
15 Janvier : Départ de Cajamarca d'Hernando Pizarro en reconnaissance vers le Sud et le fameux temple de Pachacamac. Il est accompagné de Miguel de Estete et de Diego de Trujillo.
15 Février : Départ de Cajamarca de Martin Bueno, Pedro Martin et Agustin de Zarate envoyés par Pizarro en ambassade vers Cuzco.
Mars : Sur un ordre envoyé par Atahualpa à l'insu des Espagnols, l'Inca Huascar, prisonnier des troupes de Quizquiz, est exécuté à Andamarca en présence de Cusi Yupanqui, frère d'Atahualpa.
14 Avril : Arrivée de Diego de Almagro et de ses hommes à Cajamarca.
25 Avril : Retour à Cajamarca de Hernando Pizarro, après son périple à Pachacamac et Jauja. Il ramène avec lui un des principaux chefs de guerre du défunt Huascar : le général Chalcuchimac.
13 Juin : Retour des émissaires espagnols envoyés à Cuzco : ils arrivent à Cajamarca à la tête d'une caravane de 225 lamas chargés d'or et d'argent en provenance de la capitale de l'empire.
9-16 Juillet : Répartition du trésor issu de la rançon d'Atahualpa entre les espagnols : environ 6000 kilos d'or fin et 11 800 kilos d'argent. Diego de Almagro et ses hommes se plaindront d'avoir été mal servis.
26 Juillet : Exécution d'Atahualpa par le garrot, sur la place de Cajamarca, juste après avoir reçu le baptême du Frère Valverde.
15 Août : Les Espagnols quittent Cajamarca pour se diriger vers Cuzco, après avoir désigné Tupac Huallpa, frère d'Atahualpa, Inca en titre.
12-27 Octobre : Les Espagnols parviennent à Jauja et mettent en déroute une armée Inca sur les bords du rio Mantaro. Mort de Tupac Huallpa : les Espagnols accusent le général Chalcuchimac de l'avoir empoisonné. Pizarro fait de Jauja la première capitale espagnole du Pérou; elle ne le restera que peu de temps : jusqu'à la fondation de Lima, deux ans plus tard.
8-10 Novembre : Bataille de Vilcaconga : l'arméee Inca commandée par Quizquiz est mise en échec et doit se replier.
13 Novembre : Chalcuchimac est supplicié, puis éxécuté sur la place de Jaquijahuana
14 Novembre : Manco Inca, fils de Huayna Capac et frère de Huascar, qui avait échappé au massacre de la famille impériale par Quizquiz, se présente devant Pizarro pour revendiquer ses droits au trône des Incas. Les Espagnols le reçoivent favorablement.
15 Novembre : Entrée des Espagnols à Cuzco malgré une résistance acharnée menée devant les murs de la ville par les troupes de Quizquiz. Profanation du Temple du Soleil et destruction des momies des anciens Incas.
Décembre : Manco Inca est couronné Inca par les Espagnols.

Prise de Cuzco (gravure de De Bry, 17e s.) - La statue de Ruminahui à Otavalo (Equateur)

1534
9 Janvier : Retour de Hernando Pizarro à Séville. Il présente au roi Charles Quint les trèsors apportés du Pérou. Le souverain les fit aussitôt fondre pour battre monnaie.
3 Mai : Bataille de Trocajas (près de Riobamba en Equateur) entre la troupe de Sebastian de Belalcázar et une armée inca commandée par Rumiñahui, dit "Oeil de pierre". C'est la plus grande bataille rangée de la Conquête : son issue resta indécise.
21 Mai : Secondes Capitulations de Tolède, passées cette fois entre la Couronne d'Espagne et le "mariscal" Diego de Almagro, pour lui permettre de conquérir et de gouverner les terres situées au Sud de celles déjà octroyées à Francisco Pizarro.
Mai : Pizarro et Manco Inca remportent sur le général Quizquiz la bataille de Maraycalla, dans la vallée de Jauja.
22 Juin : Sebastian de Belalcázar s'empare de Quito et repousse les contre-attaques du général inca Rumiñahui.
Octobre (?) Attiré par les richesses du Pérou, Pedro de Alvarado, conquistador du Mexique avec Cortez, puis du Guatemala, débarque en Equateur avec l'intention de soumettre la province de Quito, au nord de l'empire inca. Mais il trouve à son arrivée une région déjà conquise par Belalcázar, lieutenant de Francisco Pizarro. Pizarro préfère négocier plutôt que de devoir affronter l'un des plus fameux conquistadors de l'Amérique centrale : il fait verser à Alvarado la somme de 100 000 pesos d'or, une fortune immense, largement supérieure à celle qu'il avait gagné dans ses campagnes antérieures. Satisfait, Alvarado se retire pour aller se faire nommer gouverneur du Honduras.

1535
18 Janvier : Fondation de Lima par Francisco Pizarro, dans le but d'en faire la capitale espagnole du Pérou.
Exécution de Rumiñahui à Quito, par les hommes de Sebastian de Belalcázar.
3 Juillet : Départ de Diego de Almagro pour la conquête du Chili.

1536
Soulèvement de Manco Inca. Les guerriers Incas assiègent les Espagnols dans Cuzco et occupent la forteresse de Sacsayhuaman. Juan Pizarro est tué en tentant de la reprendre. Episode héroïque de Cahuide.
10-14 Septembre : le général cusquénien Titu Yupanqui, lié à l'Inca rebelle Manco Capac, attaque Lima avec 25 000 guerriers quechuas. Il est tué dans le combat livré sur la Place d'Armes et les indiens se retirent. Pour rendre grâce à Dieu de cette victoire, Pizarro fait élever une grande croix au sommet du Cerro San Cristobal.

1537
Janvier : Manco Inca lève le siège de Cuzco et se retranche d'abord à Ollantaytambo avec une armée de 30 000 hommes.
Avril-Mai : Diego de Almagro s'empare de Cuzco pour son propre compte, malgré la résistance des frères Hernando et Gonzalo Pizarro, qui deviennent ses prisonniers. Cet acte marque le début des hostilités entre le parti de Diego et Almagro et celui des Pizarro.
Juin : Manco Inca quitte Ollantaytambo pour aller chercher refuge dans la cordillère de Vilcabamba.
12 Juillet : A Abancay, les troupes d'Almagro, commandées par Rodrigo Orgoñez infligent une défaite à celles du parti des Pizarro, venues de Lima et commandées par Diego de Alvarado. Après cette victoire, Almagro s'auto-proclame Capitaine Général de la Nouvelle-Tolède (capitale Cuzco) et fait reconnaître Paullu Inca comme Inca en titre.
Août : Almagro envoie son capitaine Orgonez, avec 500 Espagnols, à la poursuite de Manco Inca. Ceux-ci parviennent à sa résidence de Vitcos, mais l'Inca rebelle, accompagné du grand prêtre du Soleil Villa Oma, parvient à leur échapper. Orgonez fait demi-tour, emmenant avec lui son fils Titu Cusi, fait prisonnier.
15 Septembre : Almagro et son armée quitte Cuzco, emmenant Hernando Pizarro prisonnier.
Octobre : Entrevue de Francisco Pizarro et Diego de Almagro dans la vallée de Mala, sur la côte. Hernando Pizarro et remis en liberté, mais aucun accord n'est trouvé entre les deux clans espagnols.

1538
Janvier - Avril : Expéditions punitives lancées par Manco Inca contre les Huancas.
6 Avril : Une armée conduite par Hernando Pizarro défait les troupes de Diego de Almagro et de son complice Francisco de Carbajal, non loin de Cuzco, à Las Salinas. Les deux chefs de l'armée rebelle sont capturés.
8 Juillet : Exécution de Diego de Almagro, l'ancien associé du clan Pizarro, devenu un féroce rival depuis sa conquête ratée du Chili, en place de Cuzco sur l'ordre de Hernando Pizarro.
Fin Juillet : Arrivée de Francisco Pizarro dans la vallée de Jauja.
Août : Les Lupacas-Pacajes, tribu du Collao alliée aux Incas, se soulèvent, mais ils sont vaincus au Rio Desaguadero -sur les bords du lac Titicaca- par une coalition d'Espagnols et d'autres tribus, commandée par Hernando Pizarro et Paullu Inca.
Novembre : Manco Inca se lance cette fois contre les Chancas et remporte sur ceux-ci, malgré l'aide d'un contingent espagnol, une victoire à Ongoy, près d'Andahuaylas.

1539
17 Avril : Naissance à Cuzco de Garcilaso de la Vega.
Juin-Juillet : Seconde campagne des Espagnols, commandés par Gonzalo Pizarro, contre Manco Inca dans la cordillère de Vilcabamba. Un long combat de 10 jours dans les gorges du Rio Pampacona s'achève sans vainqueurs ni vaincus. Manco Inca échappe encore de peu aux Espagnols.
Novembre : Gonzalo Pizarro, ayant pris en otage la coya Cura Ocllo, épouse et soeur de Manco Inca, ainsi que Villa Oma, le grand-prêtre du Soleil, les fait éxécuter dans la vallée de Yucay.
Retour de Hernando Pizarro en Espagne. Arrêté sur l'ordre du Conseil des Indes, il est emprisonné à Valladolid. On laissa traîner son procès en longueur et il ne fut libéré qu'en 1560, devenu presque aveugle.

1540
Pedro de Valdivia part à la conquête du Chili.

1541
26 Juin : Francisco Pizarro est assassiné dans son palais par le capitaine Juan de Rada, au cours d'un assaut mené par les partisans d'Almagro le Jeune.

1542
12 Février : Francisco de Orellana découvre l'Amazone. Il était parti de Quito un an plus tôt avec l'expédition de Gonzalo Pizarro vers le légendaire El Dorado. Il parviendra à l'océan Atlantique le 22 du même mois.
15-16 Septembre : Mort de Pedro de Candia qui avait pris le parti des Almagristes, mais fut pourfendu par Almagro le Jeune, qui le soupçonnait de trahison. Diego de Almagro le Jeune fut dès le lendemain battu à la bataille de Chupas par le vice-roi Vaca de Castro, qui le fit décapiter peu de temps après.
20 Novembre : Charles Quint fonde la Vice-royauté du Pérou et promulgue de nouvelles lois pour la défense des Indiens.

1544
15 Mai : Arrivée à Lima du vice-roi Vasco Nuñez de Vela
Fin Août : Départ de Gonzalo Pizarro du Cuzco. Dernière attaque dirigée par Manco Inca sur Cuzco, alors défendue par Diego Maldonado : les Indiens se replient devant la cavalerie espagnole.
Octobre : Gonzalo Pizarro déclare la guerre au vice-roi et le poursuit jusqu'à Quito.

1545
Assassinat de Manco Inca dans son repaire de Vilcabamba la Vieja par Diego Mendez et Gomez Perez, deux des sept transfuges almagristes auxquels il avait donné asile après la bataille de Chupas. Avant de mourir, il désigne son fils Sayri Tupac comme successeur.
Les Espagnols découvrent les richesses des mines de Potosi.

1546
19 Janvier : le vice-roi Vasco Nuñez de Vela est défait par les troupes de Gonzalo Pizarro à la bataille d'Anaquito, puis décapité.

1547
Arrivée du chroniqueur Pedro Cieza de León au Pérou

1548
La guerre civile entre la couronne d'Espagne et les anciens conquistadors fait rage.
9 Avril : Défaite et exécution de Gonzalo Pizarro après la bataille de Jaquijahuana, sur l'ordre de l'envoyé Pedro la Gasca, vainqueur des forces pizarristes. Cet évènement achève l'ère des grands conquistadors ouverte en 1519 par Cortes.
Août : Redistribution des encomiendas par La Gasca.
Fin d'année : mort de Paullu Inca, alors qu'il s'apprêtait à recevoir la soumission de Sayri Tupac.

1550
Concile de Valladolid, plus connu sous le terme de "Controverse" de Valladolid, théâtre d'un débat passioné entre Las Casas, défenseur des Indiens, et le philosophe Sepulveda, ardent défenseur de la colonisation, qui prétend que les indiens "n'ont pas d'âme".

1552
Arrivée de Antonio de Mendoza, second vice-roi du Pérou. Il est porteur d'une lettre de Philippe II en direction de Sayri Tupac où la Couronne d'Espagne reconnaît que les actions belliqueuses de Manco Inca avaient été en partie provoquées par les conquistadors eux-mêmes. De ce fait, l'Espagne octroie à Sayri Tupac son pardon pour les "crimes" commis par lui depuis son accession au pouvoir.

1553
Cieza de León publie sa Parte prima de la Cronica del Peru.

1557
Sayri Tupac abandonne la résistance armée et quitte son repaire de Vilcabamba en acceptant la proposition espagnole de rentrer à Cuzco.

1560
Titu Cusi est proclamé Inca à Vilcabamba et reprend le flambeau de la résistance à l'occupant Espagnol. Jusqu'en 1566, il mène depuis son repaire une guérilla féroce contre les Espagnols, ayant réussi à fédérer autour de lui la plupart des peuples quechuas. Cette période de résistance est dénommée Taquy Onkoy, le "soulèvement général". Ce terme sera repris dans les siècles suivants pour qualifier les rebellions de Juan Santos Atahualpa (1742-1756) et de Tupac Amaru (1780-1781).

1561
Mort, par empoisonnement, de Sayri Tupac à Cuzco.

1566
Traité de paix d'Acobamba, signé entre Titu Cusi et les Espagnols.

1567
9 Juillet : Titu Cusi fait allégeance au Roi d'Espagne dans un acte solennel. Ses frères, parmi lesquels Tupac Amaru, prètent le même serment.
20 Juillet : Titu Cusi se fait baptiser à Vilcabamba en compagnie de son fils Quispe Titu.

1569
Arrivée du vice-roi Francisco de Toledo.

1570
Mort, probablement par empoisonnement, de Titu Cusi. Le moine Diego Ortiz, qui était devenu l'un des ses amis intimes, est soupçonné du crime. Les Espagnols le mettent à la question, et finalement l'éxécutent. Tupac Amaru, frère de Titu Cusi, est proclamé Inca.

1571
Le vice-roi Francisco de Toledo effectue une vaste tournée d'inspection dans les provinces du Pérou. Pour assurer la légitimité de l'occupation espagnole et préparer la liquidation du réduit de Vilcabamba, il interroge de nombreux caciques, réunit - de façon tendancieuse - les informations les plus défavorables aux Incas et charge Pedro Sarmiento de Gamboa de rédiger une histoire "revisitée" de la dynastie inca dans laquelle ceux-ci sont décrits comme des tyrans cruels et des usurpateurs.

1572
Pedro Sarmiento de Gamboa achève et envoie en Espagne le manuscrit de son Historia Indica.
De Mai à Septembre : Francisco de Toledo ordonne une nouvelle campagne dans la cordillière de Vilcabamba, dirigée par le capitaine Garcia de Loyola. Les Espagnols parviennent à Vilcabamba le 24 Juin. Tupac Amaru et son neveu Quispe Titu sont faits prisonniers peu après et emmenés à Cuzco.
11 Août : A l'issue d'un procès sommaire, Tupac Amaru est condamné à mort et exécuté sur la grand-place de Cuzco. Lors de la même cérémonie sont brûlées les momies de Manco Inca et Titu Cusi qui avaient été ramenées de Vilcabamba. Ainsi disparurent les reliques des derniers Incas.